W grze występują cztery poziomy trudności - Peaceful (pokojowy), Easy (łatwy), Normal (normalny), Hard (trudny). Każdy z nich charakteryzuje się innymi ustawieniami.
W tym trybie trudności nie występują agresywne moby, jak zombie czy szkielety, a zdrowie gracza samoistnie się regeneruje. Jest to najłatwiejszy poziom gry. Po zmianie z wyższych poziomów trudności na pokojowy, agresywne moby, automatycznie znikają.
Występuje respawn agresywnych mobów. Wrogowie zadają znacznie mniejsze obrażenia niż na normalnym poziomie trudności. Creeper anuluje swoją eksplozję, po odejściu od niego na krótki dystans. Występuje mniej pasywnych mobów, niż na poziomie pokojowym.
Występuje respawn agresywnych mobów. Wrogowie zadają znacznie większe szkody niż na poziomie normalnym. Wybuch Creeper'a nie zostanie anulowany, chyba, że gracz odejdzie na naprawdę wielką odległość. Występuje mały respawn pasywnych mobów.
Są to poziomy trudności, które prawdopodobnie zostaną dodane w przyszłości.
Realistyczny
Jest poziomem trudności, który prawdopodobnie zosatnie dodany w nadchodzących update'ach w Becie.
Gracz będzie zmuszony spożywać jedzenie co najmniej raz na tydzień (140 minut) oraz pić co trzy dni (1 godzina)[potrzebne źródło].
Hardcore
Notch powiadomił o tym na swoim blogu, że doda w przyszłości poziom Hardcore. Zasada jest prosta: kiedy twoja postać umrze, to świat zostaje skasowany i należy zacząć przygodę od nowa na nowym świecie.