Pogoda w grze objawia się opadami deszczu, piorunami oraz spadającym śniegiem. Zmienne warunki są odmienne w różnych biomach i wpływają na kilka innych rzeczy m.in. moby, uprawy, czy widoczność.
Opady występują losowo, pojawiają się wszędzie oprócz biomów pustynnych, gdzie deszcz przestaje padać od razu po przekroczeniu ich granicy. Ograniczają dopływ światła o 3 jednostki. Deszcz powoduje nawodnienie pól uprawnych zboża lub trzciny cukrowej, zmoczenie sierści psa, gasi pożary naturalne - poza pochodniami i płonącym netherrackiem.
Pada jedynie w biomach zimowych np. tundra, tajga (ośnieżona), ośnieżone równiny. Spadające płatki tworzą na stabilnych i nieprzezroczystych blokach warstwę śniegu, która może być potem zebrana łopatą. Nieosłoniona woda natomiast zamieni się w lód.
Burza cechuje się mocniejszymi opadami deszczu, oraz wyładowaniami atmosferycznymi. W ich trakcie natężenie światła spada o 8. Jest wtedy na tyle ciemno, że mogą pojawiać się niektóre agresywne moby. Ciemność powoduje zasłonięcie słońca, księżyca i gwiazd. Pojawiające się pioruny podpalają miejsce uderzenia - zostaje ono od razu ugaszone deszczem, trafiona świnia zamienia się w Zzombifikowanego piglina, a creepery zostają naładowane co powoduje zwiększenie siły rażenia ich wybuchu.
Tryb zimowy został dodany. Podczas tworzenia świata istniała ¼ szansy na wygenerowanie się świata w trybie zimowym. Mapa ta charakteryzowała się tym, że ciągle padał tam śnieg.
Deszcz, śnieg i burze zostały dodane do gry, po opublikowaniu tego filmu w serwisie YouTube[1]. Deszcz wygląda identycznie jak w wersji Classic, posiada jednak inny dźwięk.
Naprawiono błąd powodujący, że deszcz "zamarzał" podczas gdy gracz wspinał się na drabinie i dopóki nie stanął na stały blok, co mogło wskazywać na to, że gracz wspina się z taką samą prędkością, z jaką pada deszcz.