1.3.1 è un importante aggiornamento di Java Edition rilasciato il 1 ° agosto 2012, che ha aggiunto commercio, modalità avventura, nuove strutture generate (tempi della gingla e del deserto) e nuovi oggetti tra cui smeraldi e libri. Inizialmente la Mojang stava per aggiungere rubini ma hanno sostituito quelli con smeraldi. Hanno anche aggiunto bauli di ender. Sebbene non fosse l'unica versione 1.3, era l'unica prima dell'inizio delle istantanee della 1.4.2.
Una pre-release per la 1.3.1 è stata rilasciata il 30 luglio 2012,anche se la versione completa della 1.3.1 è identica a questa pre-release.