Hay ubicaciones diversas, conocidas como misiones , para encontrar y explorar en el mundo de Minecraft Dungeons. Usualmente, se desbloquean completando misiones anteriores, pero hay casos de misiones secretas que se desbloquean por obtener pergaminos secretos. Se puede viajar a ellas a través del mapa una vez que los jugadores hayan alcanzado o regresado al Campamento. No aparecen en el mapa hasta que sean desbloqueadas. Debido a la naturaleza de cómo se desbloquean las misiones, es posible adelantarse misiones para completar la historia principal. Hay un máximo de 25 (sin incluir al Campamento) ubicaciones jugables en cualquier momento si todas las misiones secretas y pruebas diarias son desbloqueadas y todos los DLCs son comprados. Cada ubicación contiene más de 500 criaturas (salvo la Costa Calamar que tiene menos de 100).
Hay tres cosas principales que pueden encontrarse en una ubicación: Esmeraldas, Consumibles, y equipo como Armas, Armadura y Artefactos.